La commune de Marçay ouvre une école dès l'année qui suit la loi Guizot de 1833 sur l'enseignement. Elle finance notamment l'accueil de 6 enfants indigents. En 1837, elle fait l'acquisition d'un bâtiment pour y établir son école, avec une classe mixte unique.

En 1849, les édiles votent l'achat de récompenses pour les enfants méritants. Une pendule est installée dans la classe l'année suivante.  

Des travaux importants sont entrepris en 1860 pour réhabiliter la mairie-école, en mauvais état.

Jusqu'en 1879, l'école est tenue par des religieuses de la congrégation de la Charité du Sacré-Cœur de Jésus, dont la maison mère est à La Salle-de-Vihiers, dans le Maine-et-Loire. L'établissement est ensuite dédoublé, ce qui met fin à la mixité. Une école est construite pour les garçons en 1882. Elle accueille 48 élèves.

Au début de l'année 1914, la municipalité souhaite engager la construction d'une école de filles et la restauration de l'école des garçons. La guerre met un terme provisoire à ces projets.

En 1953, 71 enfants sont scolarisés dans la commune, répartis entre l'école communale, qui compte une cinquantaine d'élèves en deux classes mixtes, et l'école privée.

En 1983, l'école est composée de 2 classes et reçoit 32 élèves.

En 2020, l'établissement est en regroupement pédagogique intercommunal (RPI) avec les communes de Lerné, Couziers, Seuilly, Cinais et La Roche-Clermault. L'école accueille alors 40 élèves répartis en deux classes.

Les archives du premier versement (2830W) ont été prises en charge dans l'établissement le 19 novembre 2020. 

Les archives du second versement (3008W) ont été trouvées en mairie le 18 octobre 2013.

Aux Archives départementales :

- T 1176 : cote provisoire, écoles primaires, classement par commune)

- 2O/144 : cote provisoire, Fonds de la préfecture, Service de l'administration communale)

- 2738W263 : fonds de l'Université de Tours, Centre d'études supérieures d'aménagement (CESA) / Polytech Tours, mémoire d'étudiant