L'adoption de la loi Guizot sur l'enseignement en 1833 incite les deux modestes de communes de Saint-Jean et de Saint-Germain à renouveler leur demande de fusion. En attendant l'autorisation du gouvernement, les deux conseils municipaux proposent de créer leur école commune dans le bourg de Saint-Jean. Une institutrice est recrutée pour s'occuper de l'unique classe.

En 1852, la commune de Saint-Jean-Saint-Germain finit d'édifier sa première maison d'école.

Pour appliquer l'obligation de créer des écoles spéciales de filles dans les communes de plus de 500 habitants (loi Duruy de 1867), le conseil municipal accepte volontiers le prêt gracieux d'un bâtiment dans Saint-Jean, néanmoins le propriétaire impose qu'elle soit tenue par des religieuses.

En 1879, un nouveau bâtiment pour l'école de garçons est édifié dans le bourg de Saint-Jean. C'est peut-être ce nouvel investissement qui va choquer les parents du bourg de Saint-Germain. Ils vont solliciter directement le sous-secrétaire d'Etat aux finances et député de la circonscription de Loches, Daniel Wilson. Dans leurs pétitions, les parents se plaignent que tous les élus de la commune habitent exclusivement à Saint-Jean. En 1881, l'école de hameau, à classe unique, est créée contre l'avis du conseil municipal. Un bâtiment sera édifié en 1891.

Le prêt du bâtiment de l'école de filles arrivant à terme, en 1881, la municipalité sollicite l'Etat d'une aide financière pour l'édifier. Ne recevant pas d'aide, le projet est rejeté pour plusieurs années. Inversement, en 1904, l'administration souhaitant imposer la laïcisation de l'école de filles sollicite la municipalité pour la construction d'un bâtiment. La municipalité arrive à faire repousser les différents projets. En 1910, un groupe scolaire est créé dans le presbytère. L'école des garçons est aménagée dans l'ancien bâtiment, la classe des filles est dans une partie neuve.

En 1953, les deux écoles à une classe de Saint-Jean reçoivent une trentaine d'élèves. En 1961, une deuxième classe est aménagée dans l'école de hameau de Saint-Germain, qui accueille 51 enfants.

Aujourd'hui, l'unique école de Saint-Jean-Saint-Germain accueille 26 élèves de niveau CP et CE1. L'établissement est en regroupement pédagogique intercommunal (RPI) avec ceux des communes de Bridoré, de Saint-Hippolyte et Sennevière.

Sources complémentaires aux Archives départementales :

- T 1173 (cote provisoire, écoles primaires, classement par commune)

- 2316W (Fonds de l'école élémentaire de Bridoré)

- 2340W (Fonds de l'école primaire de Saint-Hippolyte)

- Edep222/M3-M9, R1-R3 (Fonds de la commune, enseignement-œuvres périscolaires)

- 2O/222 (cotes provisoires, Fonds de la préfecture, Service de l'administration communale)

- 1007W153 (Fonds du patrimoine immobilier départemental, bâtiments de l'enseignement)