Une première école communale est créée à Berthenay au début de la Restauration, grâce au legs d'une certaine Françoise Auger (1815). Le bâtiment qu'elle lègue devient propriété de la commune à la condition que celle-ci fonde à perpétuité « une école de charité pour instruire les enfants ».

En 1833, après le vote de la loi Guizot sur l'enseignement, la commune prend à sa charge l'instruction d'enfants indigents, 13 garçons et 8 filles. La commune de Saint-Genouph sera rattachée à celle de Berthenay pour la scolarisation des enfants jusqu'en 1838.

Des travaux importants sont réalisés en 1847.

Un préau est créé en 1887. En 1892, la commune achète des terrains proches de l'école afin d'y aménager un « champ d'expérience » pour l'école.

L'accroissement des effectifs incite la commune à agrandir l'établissement. Deux classes et un logement sont construits en 1956 à côté de l'ancienne école, suivant un projet type du cabinet d'architecte Chalumeau-Barthélemy. Le cabinet tourangeau Marconnet assure le suivi des travaux.

L'école de Berthenay semble avoir toujours été mixte depuis son origine.

En 2023, l'école accueille 45 élèves répartis en 2 classes.

Documents pris en charge dans l'établissement le 6 novembre 2023

Aux Archives départementales :

- T 1156 (cote provisoire) : écoles primaires, classement par commune

- 2O/25/30 : fonds de la préfecture, Service de l'administration communale

- 128W49 : fonds du patrimoine immobilier départemental, bâtiments de l'enseignement