Dès l'adoption de la loi Guizot sur l'enseignement en 1833, le Conseil municipal vote l'acquisition d'un terrain pour la construction d'une école. Un devis est présenté aux conseillers municipaux en 1835, les travaux commencent en 1837 et se terminent en 1841. L'école est prévue pour une quarantaine d'élèves.

Les effectifs de l'école augmentant au début de la Troisième République, la classe des garçons est agrandie en 1878 mais, en dépit de ce nouvel aménagement, les relations de la municipalité avec l'Inspection académique vont ensuite se dégrader pendant plus de deux décennies.

En 1881, les élus municipaux refusent la création d'une école pour 37 enfants de 6 à 13 ans au hameau Saint-Michel. L'année suivante, l'inspecteur d'académie déplore les conditions dans lesquelles l'école libre et gratuite des filles de Charnizay accueille ses 38 élèves et ajoute : « que serait-ce si les 80 jeunes filles qui existent dans la commune et qui sont parvenues à l'âge scolaire fréquentaient régulièrement l'école ? » Pour lui, la création d'une l'école de hameau pourrait résoudre une partie du problème.

En 1885, le Conseil municipal refuse de prendre en charge le coût du chauffage de l'école des garçons et demande que la dépense continue d'incomber aux parents. En 1886, l'inspecteur d'académie demande la création d'un préau et l'augmentation du nombre de toilettes, reprenant un vœu déjà formulé en 1861. Les travaux n'auront lieu qu'en 1897.

En 1889, le préfet veut imposer la création d'un poste d'adjoint à l'école des garçons, contre la volonté du maire. Plus de 80 enfants sont inscrits à l'école mais la municipalité estime que la fréquentation n'est que de 50 élèves durant 5 mois de l'année. La création du poste d'adjoint se fera en 1893, pour 85 enfants inscrits.

En 1889, l'Inspection académique renouvelle également sa demande de création d'une école communale de filles, déjà rejetée par le Conseil municipal en 1887.

En 1890, le ministère de l'Instruction publique dote l'école d'une carte de France.

En 1902, le Conseil municipal refuse d'installer un second poêle. Les classes de garçons sont chauffées par un poêle installé dans la cloison séparant les deux classes, apparemment insuffisant durant les hivers rigoureux.

En 1904, l'inspecteur d'académie propose de supprimer le poste d'adjoint de l'école des garçons mais de créer en revanche une classe enfantine. Ce sont au total 120 élèves qui sont accueillis.

En juin 1907, au bout de longs échanges, le maire indique au préfet : « les religieuses de Charnizay [de la Congrégation des sœurs de Saint-Martin de Bourgueil] ont licencié leur école lundi à midi. La plupart des élèves de l'école privée se sont rendues immédiatement à l'école communale& il n'y a eu aucun incident. Tout s'est passé sans bruit ». Des travaux débutent en 1908 pour l'édification d'un nouveau bâtiment pour l'école de garçons. Le bâtiment libéré est affecté à la nouvelle école communale de filles, avec une classe enfantine.

En 1930, l'inspecteur d'académie souhaite la création d'une cantine scolaire, dont le Conseil municipal ne votera la réalisation qu'en 1938.

Une deuxième classe est ouverte à l'école des garçons en 1956, aménagée provisoirement dans une pièce du logement de fonction de l'instituteur. En 1963, des travaux d'agrandissement sont réalisés par le cabinet d'architecte Coutier de Loches, pour permettre la création d'une classe supplémentaire et d'une cantine pour 80 élèves.

En 2018, l'école de Charnizay accueille 40 élèves répartis en 2 classes. L'établissement est en regroupement pédagogique intercommunal (RPI) avec la commune de Saint-Flovier.

Les registres matricules et cahiers d'appel journalier sont présents dans les archives de la Commune (voir inventaire archives communales de février 2005, présent encore en mairie).

Archives pris dans l'établissement le 6 novembre 2018

Aux Archives départementales :

- T 1209 (cote provisoire, écoles primaires, classement par commune)

- 2O/061/33-36 (cotes provisoires, Fonds de la préfecture, Service de l'administration communale)

- 1007W44 (Fonds du patrimoine immobilier départemental, bâtiments de l'enseignement)