En 1835, soit deux ans après l'adoption de la loi Guizot sur l'enseignement obligeant les communes de plus de 500 habitants à créer une école, la municipalité de La Chapelle-aux-Naux nomme un instituteur.

Une mairie-maison d'école est construite en 1852, la classe est mixte mais une cloison sépare les garçons et les filles. Une quarantaine d'enfants sont alors inscrits dans l'établissement.

Dès 1856, des travaux doivent être engagés, la crue dévastatrice de la Loire ayant immergé la salle de classe sous 1m50 d'eau, qui endommage notamment le mobilier et les menuiseries.

Cette année-là, les archives font état de travaux à l'aiguille enseignés aux petites filles.

La modeste école évolue peu pendant les décennies suivantes. En 1892, le maire de la commune demande l'autorisation au préfet d'effectuer en urgence des travaux « le carrelage de la salle de classe et les cabinets d'aisance sont dans un état de vétusté complet. Il est absolument impossible que les élèves rentrent en classe avant que lesdits travaux aient été exécutés. »

L'école accueille 9 élèves réfugiés durant la Première Guerre mondiale.

Le 4 août 1944, l'explosion d'un train allemand de munitions sur la voie ferrée entre Langeais et Cinq-Mars-la-Pile souffle les fenêtres et cloisons de l'école et celles du logement de fonction.

Une extension du bâtiment semble avoir été réalisée dans les années 1980.

L'école est en regroupement pédagogique intercommunal (RPI) avec celle de Lignières-de-Touraine depuis 1996. Durant les premières années du RPI, il paraît n'y avoir eu qu'une seule direction pour les deux écoles, installée à Lignières-de-Touraine.  

En 2023, l'établissement accueille 45 élèves répartis en 2 classes de CP-CE1.

Les documents ont été pris en charge dans l'établissement le 5 juin 2023. 

Les documents antérieurs à 1970 étaient initialement cotés T1072.

Aux Archives départementales :

- T 1203 (cote provisoire) : écoles primaires, classement par commune

- 2O/56/31-32 (cotes provisoires) : fonds de la préfecture, service de l'administration communale

- 301W215 : fonds du ministère de l'Equipement, dossiers de dommages de guerre

- EDEP056/R1-R3, M4-M8 : fonds de la commune, enseignement et œuvres périscolaires