Les archives témoignent de la présence d'un instituteur à Athée-sur-Cher avant même l'adoption de la loi Guizot sur l'enseignement en 1833. Pour faire la classe, il loue une salle à ses frais. La loi de 1833 impose à la municipalité de prendre en charge ces coûts. On note par exemple l'acquisition d'un poêle en 1840.

En 1845, la municipalité fait édifier un bâtiment pour y installer une école mixte à une classe, où garçons et filles sont séparés par une cloison.

En 1854, la femme de l'instituteur reçoit une indemnité de la commune pour les travaux d'aiguille qu'elle donne aux jeunes filles. Une classe de filles fonctionne sur la commune dès 1866. Des cours pour adultes y sont autorisés en 1867. En 1876, un bâtiment neuf est inauguré pour accueillir l'école de filles.

On compte 20 enfants indigents dans les deux écoles en 1875.

En 1887, la commune installe une classe enfantine dans un bâtiment qu'elle loue à cet effet pour accueillir une cinquantaine d'élèves, avant de faire construire pour eux un nouveau bâtiment en 1891. La même année, elle fait aussi l'acquisition d'un bâtiment pour l'école des garçons.

Un appareil de projection est acheté en 1895 pour « rendre plus intéressant les séances de cours d'adultes ». La même année, un puits est creusé dans la cour de l'école des garçons.

En 1899, les écoles d'Athée-sur-Cher se composent désormais de 5 classes, configuration qui prévaudra dans les décennies à venir. Les classes de garçons accueillent 59 élèves, les classes de filles 48 et la classe enfantine 34 tous âgés de plus de 5 ans.

En 1907, l'Inspecteur d'académie indique que les conditions d'accueil des garçons sont très insuffisantes et propose que l'école soit transférée dans l'ancien presbytère.

Les registres matricules des écoles attestent l'accueil d'enfants réfugiés pendant les deux guerres mondiales. En 1917-1918, l'école des filles et la classe enfantine accueillent 12 enfants réfugiés. En 1940, elles sont 4, puis 4 autres en 1944. L'école des garçons reçoit 7 réfugiés en 1940 puis 7 autres de 1942 à 1944.

En 1932, la municipalité décide la construction d'une nouvelle école de garçons, projet auquel l'entrée en guerre met un terme. En 1943 cependant, la commune est autorisée à se procurer des matériaux pour aménager une classe sous le préau de l'école des filles.

L'école des garçons se trouve alors dans la mairie. La municipalité obtient la possibilité d'édifier une salle de classe pour les garçons dans la cour de l'école des filles afin de créer un groupe scolaire. Une classe supplémentaire sera construite en 1951 pour porter les effectifs du groupe scolaire à plus d'une centaine d'élèves.

En 2021, l'école maternelle est composée de 5 classes pour 110 élèves. Le bâtiment doit dater de 1976.

Pris en charge des documents dans l'établissement le 23 novembre 2021.

Aux Archives départementales :

- Edep008/M8 : fonds de la commune, enseignement-œuvres périscolaires, registres matricules

- Edep008/R4-R5 : fonds de la commune, enseignement-œuvres périscolaires

- T 1145 : cote provisoire, écoles primaires, classement par commune

- 2O/008/26-29, 34 : cote provisoire, Fonds de la préfecture, Service de l'administration communale

- 1007W19 : fonds du patrimoine immobilier départemental, bâtiments de l'enseignement

- 77W08/1 : fonds de la Préfecture, Contrôle de la légalité